Eine Mykotherapie  - und das ist ein ganz großer Vorteil - ist frei von schädlichen Nebenwirkungen, wie sie von vielen Medikamenten bekannt sind. Es gibt aber Menschen, die unter Lebensmittelallergien leiden und auch bei der regelmäßigen Einnahme von Pilzprodukten können solche Erscheinungen vereinzelt auftreten. Einige reagieren auf den Shiitake  (vor allem in höheren Dosen oder als Extrakt ) stark. Es kommt zu einem juckenden Hautausschlag. Es handelt sich um eine Entgiftungsreaktion über die Haut. Da der Ausschlag sehr unangenehm ist, muss in diesem Fall die Dosis verringert oder der Vitalpilz durch einen anderen ersetzt oder die Pilztherapie abgebrochen werden. Berichtet wird auch von Durchfall beim Verzehr des Blutzucker-senkenden Schopftintlings oder von Blähungen durch verschiedene Pilze. Schuld an Blähungen sind die schwer verdaulichen Pilzeiweiße und Ballaststoffe . Manchmal schaffen Bewegung oder eine Bauchmassage Abhilfe. Auf jeden Fall sollte man die Dosis reduzieren, um dem Körper die Möglichkeit zu geben, sich langsam an die Pilze zu gewöhnen. Wenn das nach einer Woche nicht geschehen ist, muss das Pilzprodukt abgesetzt werden. Zumeist am Beginn einer Therapie kann es sogar zu einer vorübergehenden Verstärkung von Beschwerden, der so genannten Erstverschlimmerung, kommen, d.h. Werte wie Blutdruck, Cholesterin , Blutzucker etc. können kurzzeitig weiter ansteigen. Beim Vorliegen einer Schilddrüsenunterfunktion kann der Reishi  zu einer solchen Erstverschlimmerung führen und deshalb ist von der Einnahme dieses Vitalpilzes dann abzuraten. Oftmals nimmt die fortschreitende Heilung auch einen zyklischen Verlauf, z.B. bei einer Behandlung von Bluthochdruck oder einer Allergie . Bereits nach einer Woche Mykotherapie  kann eine deutliche Verbesserung eintreten, die jedoch nach vier Wochen wieder nachlässt. Die Pilze sollten weiter verzehrt werden, denn nach einigen immer schwächer werdenden Rückfällen kann mit einer konstanten Verbesserung gerechnet werden. In Einzelfällen wird bei der Einnahme von Kapseln über das Auftreten von Magenbeschwerden berichtet. Hier kann man Abhilfe schaffen, indem man die Kapsel öffnet und den Inhalt einer Speise zufügt. Zum Wirkungsmechanismus der Pilze gehört aber hauptsächlich die ganzheitliche Reinigung, Entgiftung und Entschlackung des Körpers.